台灣新冠疫苗接種順序及分配屢次引發爭議，連疫情最為嚴重的新北市數量都比高雄市少，對此，據媒體報導，有專家認為，疫苗分配須全盤考量，若按照原本的規劃是不人道的，但也直言國家決策者「不是那麼喜歡不同意見」。
據《ETtoday新聞雲》報導，一名公衛學者指出，印度自從快速打疫苗後，疫情就受到控制，歐美也是因為打疫苗陸續解封，加上病毒不斷變種，台灣不能再停留於去（2020）年疫情剛爆發時的防疫作為，必須要快，他也提到，無論誰當指揮官，面對隨時可能再上來的疫情，壓力都很大，「只是國家決策者，不是那麼喜歡不同意見」，建議指揮中心應接納真正懂公衛的專家意見，才有機會讓疫情降溫。
此外，台大公衛學院兼任教授金傳春也指出，疫苗分配剛開始就算錯了，包括每人要打兩劑、台灣至少要有4600萬劑，加上台僑、外國人及旅客等，都沒做完整的規劃，直指疫苗分配應以平時、戰時兩種情況來看。
她表示，三級警戒至今雙北確診數未懸崖式快速下降，代表有些傳播者沒具體找到，加上其他縣市也不斷爆出確診個案，所以當前最重要的目標應是降低傳播率、致死率及重症率，並把疫苗用在刀口上，若仍按照先前規劃，只會讓疫情一直燒下去，加上現在很多傳播者都是年輕族群及無症狀者，人流也有影響，因此建議接種類別及疫苗分配應增加高發區，並須做全盤考量。
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