面對交通部長林佳龍提出，台鐵公司化，產業工會就擔心，公司化後，同工不同酬的狀況會更加嚴重，包含台鐵最大的企業工會也持反對意見，認為營運和人力改善與公司化無關，而他們也提出建議，把太魯閣和普悠瑪移到西部幹線，藉此增加競爭力。
交通部長林佳龍喊出的台鐵公司化，擁有1.6萬名會員的企業工會直接舉反對牌。
台鐵企業工會研究組長林佑哲：「因為我們剛剛所提到的，不管營運面的改變，或者是人力資源的到位，這跟你有沒有公司化是沒有關係的。」
以運務人員為主的產業工會，目前有2000多人，但他們也憂心，公司化後，員工將面臨同工不同酬的狀況。
台鐵產業工會理事長王傑：「(中華)郵政公司化之後，他們也有一批後面，這種類似(台鐵)營運人員，他們現在也是一直在跟政府抗議的是，明明是做同樣的事，為什麼他的薪水更低。」
火車駕駛員聯誼會也強調具體配套要拿出來，不能淪為空談。
台鐵火聯會長黃隆華：「我們不怕改革啊，對不對，讓員工有更好的經濟來源，更好的環境來維繫我的家庭，我們希望改革啊，我們不怕啊，看你政府怎麼做。」
台鐵面臨改革聲浪，票價太便宜也被質疑，有民眾舉例，桃園到台北的車票比一杯40元手搖飲還便宜，相比物價，台鐵票價25年凍漲，但企業工會表示，要解決虧損，票價得翻倍調漲，根本不可能達成，為了提高競爭力，他們拋出改革方案，把太魯閣和普悠瑪移到西部幹線，台北到台中只要1.5小時，到高雄3小時，票價比高鐵便宜超過一半，一天可望能跑50趟，東部幹線則由PP自強號來解決運載問題。
台鐵企業工會研究組長林佑哲：「(大家說)我們營運面很糟糕，我們很多服務達不到，事實上我們是可行的，只是說政府的限制太多，導致我們競爭力沒有辦法拿出來。」
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