食物中毒發生原因，其實多數來自於微生物汙染。從過去的統計數據來看，包含便當在內的複合調理食品件數最多超過600件，原因就是外食族增多，又經常隔餐吃便當，導致不怕高溫的仙人掌桿菌增生。另外，沒有溫控環境、或是廚房人員衛生管理不佳，都可能成了微生物溫床。專家建議，飲食最好高溫烹調、或是生熟食餐具分開，另外，海鮮也可以超高壓或超低溫保存。
訂單上門，員工忙著撿貨，冷凍真空包裝的海鮮，近來似乎格外受到青睞，尤其業者還砸大錢做檢驗，重金屬、農藥殘留，零零總總加起來，居然多達6百多項，就是因為水產是微生物汙染的好發途徑。
新光醫院腎臟科醫師江守山：「海鮮的腐敗速度通常都是肉的數10倍，海鮮只要溫升幾個鐘頭，就可以產生很多菌數，尤其說魚很多時候帶著肚子在賣，那肚子就是腐敗最快的地方，因為肚子裡面有大便。」
拿微生物汙染作探討，就是因為食物中毒發生原因，細菌是最大禍首，不像其他食品添加物可能得要長時間才發病微生物汙染，會有立即性影響！
海洋大學食科所蔡宛真：「它會進入我們身體之後，在腸道，腸道對它來說是個非常容易繁殖，而且非常溫暖情況下，因為我們人體體溫是37度，最適合它們生長。」
根據統計，民國70年到103年，食品遭微生物汙染的件數，水產品近300件，肉類及其加工品128件，包含便當在內的複合調理食品超過600件，原因就是工作繁忙、外食族增多，哪種細菌汙染最多呢？以104年食物中毒人數來看，最多的是仙人掌桿菌，次多的是金黃色葡萄球菌。
為什麼仙人掌桿菌影響的人數最多呢？我們找來實驗室人員，利用無毒方式協助我們觀察，抽取菌液，經過震盪、染細胞壁、碘液水洗與酒精脫色等過程，放入顯微鏡，我們找到了答案，仙人掌桿菌周身布滿了短鞭毛，如果鏡頭拉近來看，可以看到中間有顆孢子，這個孢子並非高溫就能殺死，只要在危險溫度帶7度到60度之間，而且便當放置超過4小時，就可能產生毒素，因此學者建議隔餐勿食，另外，工作環境中人員的衛生管理也很重要！
海洋大學食科系副教授張正明：「金黃色葡萄球菌它的來源，是來自我們人體皮膚表面都會有，每個人都有，所以只要我們從業人員衛生管理沒做好，好比說接觸食物，洗手不乾淨還有我們手上有傷口，所以我們一定要將這些傷口加以包紮。」
環境衛生差或是人員管理不善，學校營養午餐是最好例子，從民國70年到103年數據來看，各月份案件總數當中9月數字最高，關鍵就是，暑假期間便當工廠休息。
海洋大學食科系副教授張正明：「在暑假休息的這些所有設備，還有這些容器是沒有人管的，這裡面常常暑假裡面很多病媒，像是老鼠、蟑螂通通在那邊群聚。」
細菌來源多，要如何避免中毒，最簡單方式就是高溫殺菌，或是超高壓也無法存活，再來就是超低溫，以零下35度來說，每放置1週生菌數下降至10分之1，因此類似這種冷凍低溫場所 就非常重要。
新光醫院腎臟科醫師江守山：「保存環境不好，導致魚本身腐敗的，那這個傳統市場風險會高一點，因為他比較缺少足夠的溫控設備，(多數細菌)它們都不耐熱，60度C以上維持3、4分鐘，它們都可以殺死。」
海洋大學食科系副教授張正明：「為什麼它最後會跑到你的成品裡面，就是我們在做生熟食，好比說做切割，分切處理的時候，我們所用的刀具砧板沒有分開使用。」
原本已經高溫殺死的細菌又因為生食熟食刀具混著用被汙染，想要避免食物中毒，小細節都不能馬虎！
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