台灣兒童過敏問題越來越嚴重，特別是過敏性鼻炎和氣喘最常見。過敏性鼻炎會使鼻水倒流，導致長期的咳嗽，對於父母來說，照顧孩子很不容易。
根據流行病學研究，台灣學齡前兒童氣喘的比例約為10％，而鼻過敏的盛行率高達40％。林口長庚兒童胸腔科醫生邱志勇和他的研究團隊花了三年多的時間，試圖找到預防過敏的關鍵，並發現可以透過腸道菌叢來解密這個謎團。
在這項實驗中，研究團隊找了56名對塵螨過敏的兒童，其中25人患有鼻炎，31人患有氣喘，與28名沒有過敏症狀的兒童進行對照，隨後進行了腸道菌叢和代謝物的分析，研究結果顯示，患有氣喘的兒童的腸道菌中，碳水化合物活性酶比較少，也就是說，它們對膳食纖維的分解能力降低，進而導致產生的丁酸減少。而這個丁酸在腸道中扮演著阻絕過敏原的角色，當丁酸減少時，對塵螨過敏的IgE反應就會增加，因此，可以透過增加攝取膳食纖維的食物來幫助改善這種情況，因為提供更多的營養來源給腸道菌，隨著腸道菌代謝後產生的丁酸增加，就能減緩對塵螨的過敏反應。這一研究成果已於2023年刊登在知名的國際期刊《小兒過敏和免疫學》上。
微菌叢植入術，通常是透過大腸鏡來進行的，類似大腸鏡檢查的過程。在這個過程中，醫生會將大腸鏡深入到小腸末端，然後將250毫升的微菌叢植入腸道，這項治療方法主要應用於潰瘍性結腸炎患者，尤其是那些合併困難梭菌感染的患者。衛福部在2018年的特殊管理辦法中核准了微菌叢植入，用來治療反覆性或難治性的困難梭菌感染，易感染困難梭菌的族群包括接受癌症化療的患者、器官移植接受者、發炎性腸道疾病患者以及長期使用抗生素的患者等等。這些感染可能導致持續腹瀉，當情況嚴重時，患者幾乎無法進食，導致營養不良。雖然抗生素治療有效，但往往容易復發。
林口長庚胃腸肝膽科的主治醫師李柏賢指出，使用抗生素治療困難梭菌感染的成功率約為3成到5成左右。
林口長庚醫院副院長邱政洵表示，使用微菌叢植入術治療困難梭菌感染的成功率高達九成以上，並且復發率相對較低。長期追蹤研究顯示，使用微菌叢植入術的患者一到兩年的復發率約為10%到20%，而傳統藥物治療的急性感染患者，當次復發率可達20%到30%。
林口長庚已成功治療超過100名患者，是全台治療案例最多的醫院之一。他們成立了微菌銀行，嚴格篩選糞便捐贈者，必須通過近50項檢查，包括血液、病毒、免疫疾病等等。經過處理後，糞便中提取的微菌叢，儲存在零下80度的冷凍庫中。
醫師李柏賢說，近年來人們越來越關注腦腸軸，因為大腦擁有最多的神經元，而腸道則擁有第二多的神經元。這兩者之間存在著密切的相互作用。一些難以治療的疾病，如自閉症、帕金森氏症和癲癇等，國外的研究表明，可以用微菌移植來治療這些與大腦和神經相關疾病的一種方式，但目前仍處於研究階段。
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