健保會於9月21日完成明年度全民健康保險醫療給付費用總額的協商工作，保險付費者委員與各總額部門醫界代表歷經12小時的協商，但彼此對健保資源運用仍有相當之落差，最終作成以兩案併陳送衛福部決定。其中付費者代表方案約8324 億元、醫界代表方案約 8437 億元，都比起今年的8095.2億元，增加200多億到300多億。
健保會執行祕書周淑婉表示，近年來因健保財務壓力日益沉重，加上受新冠疫情影響國內整體民生經濟尚未復甦，在民眾付費能力有限情況下，本次總額協商，健保會委員須在健保收支衡平，且顧及民眾醫療需求的前提下，通盤考量有限健保資源配置，將錢用在刀口上，因此協商困難度相當大。這一次協商，有共識的部分，包括牙醫門診，增加約15億元，主要希望提升國人自然牙保存，減少國人無牙率，其中12.083 億元主要用途，包括：導入超音波根管沖洗之新醫療技術、將特定牙周保存治療服務對象擴及全口總齒數一至三顆病人，並提供齲齒經驗之高風險患者(如糖尿病等)塗氟處置。中醫門診總額總計增加 14.05億元，其中7.979 億元用於多重慢性疾病病人中醫整合醫療照護、提供中醫針灸及傷科合併照護給付、中醫特定疾病加強照護對象擴大納入腦血管疾病後遺症病人。其他預算則於配合政策推動，加強居家醫療照護與精神疾病社區復健治療、擴大辦理急性後期照護計畫、提升院所智慧化資訊機制及鼓勵增加檢驗(查)資料上傳項目皆持續增編經費。
而醫院總頟及西醫基層總額雖未獲共識，但付費者與醫界代表雙方於罕見疾病及血友病、愛滋病治療藥費、加強偏鄉醫療照護竽均有編列經費，以持續照顧弱勢族群。醫界方面，醫院代表考量目前健保財務收支失衡，建議將經費挹注於調整支付不足部分，穩住恆常醫療服務。西醫基層代表則提出數項支付標準調整項目，希望提升支付反映成本。此外，兩部門都建議增編長新冠確診者後遺症照護之相關預算。
付費者方面，雖有感於健保財務困難，但為引進新醫療科技，仍編列「新醫療科技」（增加 32.74 億元)及「藥品及特材給付規定改變」（增加12.83 億元)預算，以減少民眾自費之負擔。此外，也支持衛生福利部「健保總額中長期改革計畫」政策，編列「住院整合照護試辦計畫」(6億元)及「代謝症候群防治計畫」(6.16億元)經費，擴大照護對象，並同意新增「癌症治療品質改善計畫」(5.17 億元)及「慢性傳染病照護品質計畫」(2億元)2項計畫，加強癌症篩檢疑似陽性個案追蹤治療，及提升結核病及愛滋病毒感染者早期診斷及追蹤治療。另付費者委員一致肯定醫界在新冠疫情期間照護民眾健康之勞，對於醫界提出長新冠確診者後遺症照護之相關預算，則建議併入「慢性傳染病照護品質計畫」處理，持續監測其醫療利用情形。
此外，考量腹膜透析可提升病人生活品質，惟其使用人數占率逐年降低，乃希望透過專案計畫之推動，將新增預算優先用於鼓勵加強推動腹膜透析舆提升照護品質之院所。因雙方仍有各自看法，最後將以兩案併陳送衛福部決定。健保會協商完成後，依法將已達成共識之牙醫門診、中醫門診總額額、其他預算的協商結果，及末達共識之醫院及西醫基層總額，以兩案並陳方式，報請衛福部決定。
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