兩岸大三通時代來臨，最直接受到衝擊的，就是過去擔任中轉地位的香港以及澳門，包括客、貨運都將大幅降低，而香港業界也已經估算出，香港總體貿易將減少3%金額，超過1千億港幣。
兩岸高調慶祝直航，但香港機場的「直通巴士」卻顯得相對冷清，直航當天，上車的台灣客就少了1成左右。香港直通巴士售票員：「本來星期一有很多客人，今天直航了，三通影響很大。」記者：「很冷清？」香港直通巴士售票員：「是沒錯。」
難得看到台商身影，但也是不得不。大陸台商：「2個月前我買了票，從大陸買的是來回的，不得不在香港轉，如果有機會的話，我覺得我當然希望從台北直飛深圳。」
台灣的轉機客，佔香港機場客流的11.2%，以去年為例，1年有270萬人次的台灣旅客，平均每人消費200港幣，總額就有5.4億元兩岸大三通之後，貨櫃量預估下降6%，客流量也會少1成1。
香港貿發局首席經濟師邱麗萍：「香港有優勢就是我們，和不同地方的聯繫都很方便，這個部分如果我們香港功能繼續發揮的話，相信直航對這部份業務，影響不會太大。」
如何保有優勢？香港的貨櫃碼頭，過去的收費比大陸貴上1/3，現在業者考慮降價，跟大陸港口搶生意，對台商來說是一大利多，但總體估計，兩岸大三通，將影響香港3%的貿易，金額高達1000億港幣。
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