台灣海釣船「聯合號」在釣魚台海域被日本巡防艦撞沉之後，日本媒體又報導，宣稱台灣前往處理的兩艘海巡署船艦，多次入侵日本領海，使得釣魚台主權爭議問題再度浮上檯面。
「聯合號」海釣船在釣魚台海域被撞沉後，前往處理的海巡署船艦，被日本指控侵犯領海，根據日本琉球新報在網路的最新首頁，以「釣魚台觀光漁船沈沒台灣巡邏艦侵犯領海」的標題，引述來自日本第11管區海上保安本部的消息，侵犯領海的是台灣3艘巡邏艦當中的2艘多次入侵領海。
首先是在10日上午8點55分時，發現第一艘台灣巡邏艦入侵，在現場的日本巡邏艦以無線電發出警告，已經侵入領海並且要求離開，對此台灣巡邏艦的回答是，想確認事發現場，在10點40分左右一度離開了領海區，不過在下午1點第二度進入領海10分鐘之後離開；另一艘台灣巡邏艦則是在中午12點45到50分以及1點到1點05分進入日本領海。
日本外務省中國局表示，有聽說台灣巡邏艦出現，但不知道入侵領海的消息，但是因為事故現場在日本領海內，台灣方面沒有辦法有主權做現場蒐證，所以只能拒絕，如果（入侵領海）是事實，除了遺憾，也考慮向台灣方面提出遺憾之意。
由於意外地點發生在釣魚台海域，又牽扯上主權問題，使得整起日本巡防艦撞沉台灣海釣船事件的後續發展，更顯得錯綜複雜。
