兩岸三通，香港的仲介角色會漸漸消失，對香港造成的衝擊，有兩極不同程度的影響；全面三通之後可能會導致香港的旅遊業及轉口貿易的萎縮，不過只要兩岸關係提升，兩岸的經濟發展起來，香港的經濟也能受惠，香港的國際金融中心也必能發揮更大效用。
自從大陸民眾得以到香港自由行後，香港觀光剎時變得商機無窮，然而50多年來，扮演兩岸中界角色的香港，在兩岸三通指日可待下，台灣必然是香港旅遊業的競爭對手，可預見的衝擊就在眼前。
香港旅發局主席田北俊：「三通的影響，當然會有，但我們覺得這一個是很好的競爭，我們不可以老是希望，大陸的旅客去台灣，或者是台灣的旅客到大陸是因為沒有直航的飛機，才要跑來香港轉機。」
資料統計，每年3000萬訪港旅客中，台灣旅客佔了220萬人，其中有7成，也就是大約150萬人，只是經由香港轉赴大陸；換句話說，兩岸直航至少讓香港流失120萬轉機旅客，以每人平均消費台幣1000來計算，兩岸一三通，香港起碼損失12億台幣。
香港物流業評估，經香港轉口兩岸貿易的138萬個貨櫃，佔全年6%，以租借每個貨櫃收費台幣4000元來算，香港物流業的生意將瞬間蒸發台幣55億。
TVBS特派記者黃重添：「兩岸三通短期內對香港的經濟，會造成一定程度的衝擊，不過比較樂觀的看法是，三通之後兩岸的經濟會更加蓬勃，對於整個大中華地區，包括香港在內都會受惠，而且更能進一步鞏固香港國際金融中心的地位。」
政府透明度和高效率、金融法律制度健全和低稅賦等優勢，台資上市公司及金融機構並不會立刻撤出香港，台灣短期內也不會開放陸資銀行或企業到台灣上市；因此專家認為，香港仍然會繼續擔任兩岸經貿平台的重要角色。
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