宣布拔管後，教育部長吳茂昆終於現身，下午出席中央大學全大運開場活動，不過被問到管中閔一事，再度批評遴選委員會有瑕疵，台哥大副董蔡明興投獨董，明顯沒有利益迴避。不過管爺也在臉書開砲，洋洋灑灑千字文，認為教育部侵害了大學自治。
教育部長吳茂昆：「管先生如果再回來選，那遴選委員就要檢視他的資格嘛，假如他的資格完全合理合法，沒有問題。」
吳茂昆解釋，管中閔如果再次回到遴選階段，資格上無疑義，教育部沒理由不通過人事案，強調和27日晚上教育部次長林騰蛟的說法一致。記者會強調駁回管中閔的人事案，包含管中閔在內等8名候選人，都得回到遴委會初審階段，但是未來管中閔還是有機會成為台大校長，不過據傳，行政院高層對這段說法似乎很有意見，認為管中閔根本不具有遴選資格。
不過這些原因聽在台大遴選會耳裡，恐怕無法成為正當理由。
台大遴選會委員袁孝維：「這樣子違法一個教育部，他的法源依據在哪裡？而不是來問我們遴選委員會，我們一定是遵守依法行政，(現在要求遴選會有打算重選嗎)，如果教育部於法無據，要我們怎麼樣做事情呢？」
不只遴選會話說得死，完全不能接受之外，管中閔28日更在臉書上發表聲明，表示面對威脅絕不妥協，大學自治歷程中的重大挫敗，更點教育部無視遴選委員會所作「毫無疑義」的決議，還批教育部的種種作為「外慚清議，內疚神明」。
吳瑞北：「不管什麼決定，都沒有辦法讓所有人都滿意，所以他吳部長很快就做這個決定，我必須要表示肯定跟敬佩。」
台大校長候選人之一的吳瑞北倒是認為教育部這回很有效率，只是這台大校長風波表面上告一段落，但恐怕還有得燒。
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