前總統陳水扁在粉絲專頁「新勇哥物語」發文表示，法務部長邱太三曾經擔任過紅衫軍的法律顧問，擔心法務部會執法不公，有國民黨立委就覺得陳水扁似乎對邱太三特別有意見，在立法院質詢時，就問邱太三是不是曾經得罪過陳水扁。邱太三則表示，對陳水扁的文章實在是沒辦法回應。
吳志揚：「這次他講的新勇哥物語，他說你不會對他公平，因為法務部長以前是紅衫軍法律顧問出身，所以你本來就支持倒扁的人嘛。」
邱太三：「我就直白的講，這個在講幹話的人，實在沒辦法回應。」
陳水扁在新勇哥物語粉絲頁，指現任法務部長邱太三是紅衫軍法律顧問出身，不難看出陳水扁的擔心。
2006年的紅衫軍倒扁活動，當時民進黨內有部分新潮流派系人馬，都跟時任總統的陳水扁做出切割，其中林濁水跟李文忠都宣布辭去立委，就是要跟陳水扁劃清界線，同樣屬於新潮流派系的邱太三，究竟是不是如陳前總統所說擔任法律顧問。
倒扁活動副總指揮林郁方：「我是嚇一大跳，在我的印象裡面，我們開會的場所裡面沒有見過邱太三，也沒有聽施明德講過說有聘他，或是接受他當我們的法律顧問。」
時隔多年，陳前總統的一則貼文，讓紅衫軍再度引發討論。
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