林全內閣上任後第一天，就宣布將對當初太陽花學運闖行政院的126名群眾撤告，林全表示，太陽花學運是政治事件並非單純法律事件，應該在多一點和諧、少一點衝突的原則下從寬處理，所以決定撤告，行文後引發正反兩極聲浪，林飛帆第一時間於臉書表示，他期待的是獨立的司法，從憲政高度出發，審理此案，若是仍遭提告，也會勇於承擔。
行政院行文表示323闖行政院之事，當初提告有「政治考量」，如今太陽花學運的訴求內容已是社會共識，除了行政院撤告外，同時也表示立法院將會針對兩岸協議監督條例進行立法，來突顯太陽花學運的正當性與社會貢獻。
身為太陽花學運中心分子之一的林飛帆於臉書上回應，雖然自己未被列為323事件被告，但對林全的決定表達感謝，同時也做出三點聲明。林飛帆表示，過去許多運動者對司法追訴態度一貫，就是：面對司法、承擔結果。大家期待的是「獨立的司法，從憲政高度出發，審理此案」。林飛帆同時希望行政院與立法院可針對當初太陽花學運的訴求作出回應，期待新政府新作為。
行政院撤告，林飛帆表示贊同，但有網友為執勤員警抱不平；前警大教授葉毓蘭在臉書上說：「當初行政院依法提告，現在卻因政治撤告，希望你們先說服你們的同黨，對當時依法執勤的警察撤告吧。」葉毓蘭指出，太陽花學運那段期間，對執勤員警動手的立法委員被判無罪，許多員警因為值勤太陽花勤務累倒，對照現在行政院撤告323事件群眾，更多的網友替警察抱不平。
圖／林飛帆臉書
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