曾說不兼任黨主席的總統當選人蔡英文，為了有效落實政見、宣布兼任黨魁，回顧馬英九總統和前總統陳水扁，則是因為黨內鬥爭，在考量政治現實下，最終也走向黨政合一，專家認為蔡英文有國會過半優勢、立法院也在掌握之中，跟扁、馬的處境不能相提並論，但從過往經驗來看，府院黨能否有效溝通、整合意見，將是「黨政合一」成功與否的重要關鍵。
時任國民黨主席馬英九(2014.11.29)：「我們讓大家失望了。」
2014年底九合一地方選舉慘敗，國民黨多數執政縣市藍天變綠地，當時的主席馬英九只能黯然下台。
時任國民黨主席馬英九(2014.12.3)：「我向常會宣布，辭去中國國民黨主席的職務，也再次向大家誠懇地道歉。」
當機立斷辭去黨主席職務，但執政不力的負面效應持續拖累2016選情，讓馬總統原本期望「黨政合一」，藉由兼任主席貫徹執政意志的作法，最後以失敗收場。
兩岸政策協會研究員張宇韶：「馬英九兼任黨主席最主要的考量，是因為他搞不定立法院，更重要的地方是他搞不定王馬關係，馬英九也沒有因為他兼任黨主席，雖然握有了不分區的提名權，或是最重要的縣市首長提名權，因此就控制了國會，或是因此就處理掉王金平的問題，事實證明是沒有的嘛。」
總統馬英九(2013.9.9)：「如果這不是關說，那什麼才是關說？」
2013年親上火線，怒批王金平司法關說，馬總統與立法院的心結由來已久，也成了他決意兼任主席的主要原因之一，回顧2008年馬總統提名的監察院副院長人選沈富雄，竟然在藍營佔多數的國會中箭落馬，因此2009年原本承諾不當主席的馬總統，宣布兼任黨主席，希望運用不分區立委以及縣市首長提名權，解決行政、立法不同調的難題。
但專家分析，馬總統為弱化王金平的勢力，決策平台疊床架屋導致力道分散，因此民進黨主席蔡英文如何整合意見，將是「黨政合一」能否成功的一大指標。
智慧交易所執行長洪耀南：「兼黨主席或不兼黨主席這不是重點，最重要你權力的結構或是你決策的模式，就我們剛講到說像馬英九，因為他需要處理所謂的黨政溝通平台還有一個中山會報，那還要一個形式性的所謂的中常會，所以他整個疊床架屋的情況非常嚴重，那當然貫徹力就比較弱一點。」
兩岸政策協會研究員張宇韶：「總統兼主席，他一定要培養自己的嫡系人馬嘛，正面來講他必須要透過嫡系的中常委跟立委，才能夠在黨內發揮進一步的影響力，當然呢極有可能就變成是自己決策的小圈圈啦。」
同樣曾說不兼黨主席，前總統陳水扁在2000年上台後，則是因為面臨國會少數的現實，並與當時的主席謝長廷政策不同調，決定在2002年兼任黨主席走向黨政合一，不過對照蔡英文目前聲勢如日中天，與陳水扁的處境不可同日而語。
台灣競爭力論壇執行長謝明輝：「陳水扁當時的狀況是朝小野大，現在蔡英文因為蘇蔡一體的話，立法院她蘇嘉全的布局非常成功了，所以她沒有馬英九跟陳水扁當時(立院管不動)的這些狀況。」
雖然已是完全執政，但為了平衡黨內派系，蔡英文兼任主席或許有其苦衷，但從今年1月底的民調顯示，還是有超過5成的民眾，認為總統不該兼任黨主席，其中民進黨的支持者更有4成不樂見，為了化解毀憲亂政的疑慮，民進黨也火速修改黨章替蔡英文解套。
智慧交易所執行長洪耀南：「行政部門的人他不需要因為當民進黨的政務官，而加入民進黨那也代表了未來行政院院長或是秘書長，也不用列席民進黨的中常會，那就變成黨政已經有分開了，包括現在我們都知道立法院長的中立化。」
台灣競爭力論壇執行長謝明輝：「民進黨現在修改黨章，副總統以下跟閣員不得進入民進黨擔任黨職，如此一來如果她沒有兼黨主席的話，那可能府院黨她沒有辦法連結，不兼黨主席民進黨馬上就要改選，那諸侯林立的話可能民進黨會先分裂。」
曾批評馬總統兼任黨主席是破壞分權制衡，如今蔡英文卻走上同一條老路，能否成功未來四年見真章。
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