1月16日總統立委大選後，立委將在2月1日上任，但新任總統必須等到5月20日才能上任，政權交接長達4個多月，行政及立法如何運作避免空窗期，將會是新任總統當選後必須面對的問題；而面對國民黨拋出「多數黨組閣」，蔡英文雖然不同意，但也表示如果當選總統會邀請各政黨一起會商，同時將以最快的速度制定《卸任總統交接條例》，共同維持選後4個月的穩定。
國民黨總統候選人朱立倫(01.07)：「希望由多數黨組閣，朱立倫如果當選的話，一定尊重這樣的憲政慣例，所以我們要全力以赴。」
國民黨在選前拋出多數黨組閣的議題，馬上在最後一場大選政見會發酵，讓三組候選人進行攻防大戰。
民進黨總統候選人蔡英文(01.09)：「任意的轉換體制，馬總統仍然在任，將來和閣揆的權責不清只會讓政府的運作雙頭馬車，政局更加混亂。」
親民黨總統候選人宋楚瑜(01.10)：「很簡單，他們完全都沒有信心了嘛，他們已經自己曉得已經出局了，國民黨在立法院超過3/4多數的時候，他也沒把台灣很多該處理的事情處理好，請問國民黨現在不是多數黨嗎？」
蔡英文雖然不同意多數黨組閣，但也提出如果當選總統會邀請各政黨一起會商，共同維持選後4個月的穩定，同時將以最快的速度制定《卸任總統交接條例》，她也會立即組成「政權交接小組」建立和上任政府的協調機制，而宋楚瑜對於多數黨組閣則說將會和馬總統共商，國是以籌組過渡內閣跟自動縮短任期來因應。
師大公領系副教授黃信豪：「國民黨提出這個議題比較大的程度是選戰的操作，主要原因就是說他的效果可能是可以去號召泛藍選民。」
律師顧立雄：「國民黨想要把我們的憲政關係導向所謂內閣制的方向來推動，但我覺得如果真的要往內閣制來推動，一定要透過修憲。」
不過大選進入倒數階段，能不能發揮效用還很難說，理論上多數黨組閣在新舊任總統交接的過程中，執政黨釋出組閣權一方面可以回應最新民意、又可落實「雙首長制」，確保空窗期內國家仍然維持運作，但如果選後真的進行多數黨組閣還有有許多問題要面對。
台大政治系教授王業立：「如果說總統必須要諮詢多數黨的領袖來組閣的話，那麼總統是不是要完全的接受國會的多數黨領袖所推薦的人來組閣，即使由多數黨組閣，總統是不是還繼續的保有所謂的國防、外交、兩岸關係的決策權。」
而在1月16日投票後新任總統揭曉，新任立委2月1日上任，改選後的國會開始運作，但要等到5月20日新舊任總統才能交接，不過要注意的是，這次政權交接長達4個多月，這段期間行政及立法如何適當運作來避免空窗期。
台大政治系教授王業立：「當然我們也不能看到說台灣就陷入4個月的空轉，就算是行政中立、就算是整個政務繼續運作，但是一些重大的政策、重大的決策而我們要如何面對，這個我想我們還是必須要長遠的以制度面加以解決。」
台灣已經經歷2次政黨輪替，這10幾年來卻沒有完整的總統職權交接條例，只能依賴交接小組，不過2008年陳水扁交接給馬英九時，就曾經傳出公文消失，但當時移交小組澄清無權逐一清點，總統府各處室的公文數量只能完成形式上的移交，如今必須避免歷史再度重演。
師大公領系副教授黃信豪：「交接還沒有法制化，其實各政黨也一直或多或少提到關於政權交接條例，所以這個關於政權的交接，我覺得制度是一個比較好的處理方式。」
蔡英文若當選總統還必須面對，民進黨在立法院席次是否過半能不能制衡國民黨的問題，加上《政權交接條例》尚未明確，新舊政府如何展開交接，未來恐怕還會存在著許多政治爭議。
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