阿里山小火車意外，引發小火車存廢討論，主責機關農委會表示，森林鐵道已經有百年歷史，不可能廢，但未來該不該將鐵道權統一，由交通部鐵路局統一管理，農委會說，這問題之前也討論過，要是交通部願意，農委會也「樂見」換人管管看，但小火車若是因為安全考量，要升格「國家級」，龐大的改建經費，也讓交通部也暗自叫苦「吞不下去」。
百年歷史的阿里山火車，日據時代，就已經在蜿蜒的山林裡穿梭，日本人當時開闢森林鐵路，是為了珍貴木材，100多年後，小火車的功能「純觀光」，要搶到火車票還挺不容易呢。
一票難求，讓陸客大打出手，光一天就有1500萬人次的陸客，搶搭阿里山小火車，連北京台灣街，都能看到小火車和神木發生意外，外界開始究責，但主管機關農委會堅持森林鐵道不能廢，既然不廢，那是不是該換人管管看？
總統馬英九(100.4.27)：「來此之前，跟農委會通了2通電話，也配合台鐵，一起調查發生事故的原因。」
農委會負責報告後續處理，但關鍵時刻，還是不得不出動台鐵鐵道專家，搞清來龍去脈，鐵道權要不要統一管理？農委會眼睛不眨沒有猶豫，心甘情願讓出來。
農委會主委陳武雄(100.4.28)：「交通部他們願不願意接管，交通部以前也有討論過，假如他們願意，我們也樂意由交通部代為接管。」
不過意外發生後，為了安全，外界有呼聲，該將小火車升格「國家級」，這樣一來，光是第一階段經費就要37億元，交通部也忍不住抱怨，這經費實在很難「吞下去」，各單位都有說不完的苦水，阿里山巨樹，砸出盤根錯節的管理問題。
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