立委呂學樟一番「廢中研院」的言論，引發社會譁然，他還質疑學運期間，力挺太陽花的黃國昌教授，身為副研究員，怎麼可以不上班，為此中研院表示，其實黃國昌都有請假，而且他的學術論文產量，去年度是整個中研院法律研究所當中最多的！至於呂學樟表示，中研院隸屬總統府，研究員不應該嗆總統，黃國昌則說，從來不認為自己是「總統幕僚」。
太陽花學運時滿場跑，學運結束，立委把砲口對向黃國昌所屬的中研院。立委呂學樟：「畢竟他是隸屬於總統府的，怎麼會有部分的研究員，去嗆聲一國的元首呢？」
呂學樟說總統是中研院的老闆，怎麼可以嗆總統，還說「檢討組織改造時可考慮廢除」，黃國昌氣得在臉書上寫下，從來就沒有將自己界定為「總統幕僚」，還說呂學樟是比蔣介石還狂妄的「闌尾」。
立委呂學樟：「斗大的頭條標題說，我要廢中研院，我沒這麼『偉大』，我也不會去廢績效的問題。」
其實，在銓敘部的行政中立法，確實有把中研院納入，但任用法卻沒有，因為研究員無官職等。立委呂學樟：「部分的研究員，打著中研院的旗號在發言，造成了外界的誤解，好像這兩個單位到底是…整天沒有事情幹嘛。」
中研院表示，黃國昌都有請假，研究員每學年有21天休假，還可以累積到下學年，出勤表現不會影響考績，學術表現才是關鍵，黃國昌著有期刊論文43篇、專書論文集3本等等，去年已審核學術論文4篇，居法律所之首。
互槓上的立委呂學樟，投票缺席15次、缺席率4.2%、草案提案18個，第65名、脫黨投票1次，這次槓上學術界，一番「關切」中研院的言論，讓他成為各界關注焦點。
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