學運退場，接下來要關注的，就是各種版本的《兩岸監督條例》攻防戰。民間版的兩岸監督條例主張，未來兩岸協商前期、談判中期、甚至到簽訂條約前，都要先向立法院報告，如果談判結果不滿意，還可退回重啟談判。不過行政院認為，民間版本曠日廢時，就連美國、韓國也沒這種慣例，一旦民間版本通過，什麼兩岸協議都別想簽了。
學運總指揮陳為廷(2014.4.10)：「兩國的政府簽署的協議，大家覺得這個論調，沒問題的請舉手。」
學生退出議場前，丟出民間版兩岸監督條例，強調未來與大陸談判，必須落實公民參與、資訊公開、人權保障、國會監督等5大原則，並要求民間版本務必過關，不然下一步就是包圍總統府，但藍營立委認為，一言堂式的思考根本不是民主。
立委林郁方：「公民監督已經被濫用了名詞，你怎麼知道你代表多數公民，對不對 即使你代表多數公民，你參與的方式是用霸佔，佔領立法院的方式來進行嗎，這叫代議政治嗎，要不然台灣2300萬人，這麼多人的看法彼此不一樣，那要聽誰的。」
學運才剛退場，包括行政院、民進黨和學生在內，7種版本的兩岸監督條例，政治攻防已經開打，民間版再推圖文並茂懶人包，要與官方訴求做出區隔，不過雙方歧見依舊沒交集，舉例來說，行政院版寫明，兩岸監督機制屬於兩岸關係，但民間版的台灣中華民國，和大陸中華人民共和國用詞，等於變相兩國論，恐怕涉及憲政爭議。
另外民間版草案，也提出溯及既往原則，認為在兩岸監督條例施行前，就簽好的協定，都必須重回立法院，如此一來兩岸觀光、兩岸直航等現行的往來協議，將被迫重談可行性有多少打上問號。立委黃偉哲：「如果社會大眾都認為說，過去的兩岸協議簽得那麼差，台灣利益都已經被侵犯殆盡，這個時候再重新拿回來審視，如果要求政府要廢止，因為協議隨時都可以廢止，單方面就可以廢止，如果要這樣的話，其實我們也沒有意見啊！」
民間版本堅持，兩岸簽訂協議前，公民都必須全程參與，因此不能只由行政部門出面談判，立法院議決，而是改採兩岸有意協商的前90天，先向立院報告，同意後才能談判，正式簽約前，內容如果有疑義，還可要求重啟協商。
另外民間版草案第八條也註明，如果談判人員損害主權，可處7年以上有期徒刑，但損害如何認定、又該由誰認定，此例一開，又有哪位政府官員，願意代表談判。
立委林郁方：「主權的定義是有它，相當程度的模糊度的，按照目前兩岸的關係，所以什麼叫危害到主權，這個談判回來，已經傷害到我們的主權了，所以把這些人，全部送去關7年以上嗎？以後沒有人會當談判人員，因為每一個人都有可能，被民進黨送去坐牢啊。」
立委黃偉哲：「(民間版)說好一點是嚴格監督，說比較不好聽的是有點半抵制，在一個光譜上，民間版的防衛心是最強的，行政院版的防衛心是最鬆動的，所以怎麼樣在，民間版跟行政院版，或是社會大眾比較傾向於，哪一個版本，我覺得事實上是，可以攤在陽光下。」
陸委會主委王郁琦，已經鬆口只要無礙行政權，強化公眾參與、影響衝擊評估，和定期檢討的部分都可再研議，未來如何避免台灣經濟空轉，盡速找出平衡點，考驗各方智慧。
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