軍審法修法後，台南軍監一大早進行第二波移監作業，這也意味著軍事監獄走入歷史，根據統計，約450件軍事案件移交司法機關偵審，74名軍事人犯移送普通監獄及看守所，其中也包括叛逃到英國的葉玫，以及35年前叛逃到大陸的林毅夫，其中林毅夫該不該繼續通緝，現在有兩派說法，因為要是以「即成犯」認定，林毅夫已經過了20年的法律追溯期，不須負法律責任，不過根據了解，接受案件的金高檢決定以「繼續犯」認定。
警車高度戒備，載滿犯人的囚車緩緩駛離台南軍監，第二波移監完成，這一送也代表軍監走入歷史。台南監獄副典獄長黃銘強：「以後六甲軍監就是歸建給我們台南監獄。」
總計有450件軍案件和74名軍事人犯，移交給法務部，這裡頭還包括叛逃到大陸的前陸軍連長，也是前世界銀行前副總裁林毅夫，只是移交後，林毅夫該不該繼續通緝？國民黨立委廖正井：「我覺得還是要『繼續犯』認定，為什麼呢？因為以軍人來講，這個服從命令是應該的，如果可以叛徒而逃的話，那以後怎麼戰爭。」
民進黨立委何欣純：「我個人認為還是『繼續犯』，法律才不會修法前後有所矛盾。」
朝野立委幾乎有志一同，支持以「繼續犯」認定，要繼續通緝林毅夫，但法界有另一派則希望用「即成犯」認定，因為以林毅夫1979叛逃大陸算起，已經35年，早超過法定通緝追溯期的20年，如此以來，林毅夫就不用負法律責任，但法務部說，該如何處理，他們不干涉。法務部次長陳明堂：「金高檢收到案子後，會再做確認。」
法務部儘管沒正面回應，不過根據了解，金高檢偏向用「繼續犯」來認定林毅夫罪行，只是林毅夫人都還在大陸消遙，就算用繼續犯，還是無法讓他歸國接受審判。
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