史上首例，檢察總長黃世銘，被依洩密罪嫌起訴，北檢偵辦洩密案，認為總長黃世銘在尚未結案前，就將關說案偵查內容，向總統馬英九報告，涉嫌洩密，而檢方掌握的關鍵證據，就是黃世銘交給馬英九的兩份專案報告，內容載明關說案，還會持續偵查，因此北檢認為，案件根本還沒結束，黃世銘違反偵查不公開，根本是陷總統於不義。
司法史上頭一遭，黃世銘成了第一位被刑事起訴的檢察總長。台北地檢署發言人黃謀信：「涉犯刑法之洩密，通訊保障及監察法，第27條之交付通訊監察所得秘密等部份提起公訴。」
被依洩密案起訴，關鍵證據，就是總統將黃世銘面報的專案報告，提供給檢方，裡頭詳載仍持續進行偵查作為，北檢認為，黃世銘陷總統於不義，在未結案前，就陳報馬英九。
記者林昱孜：「特偵組檢察官在約談林秀濤以及陳正芬當中，黃世銘就已經打電話給總統府隨行秘書敲定進官邸的時間。」
8點半敲定時間，一個小時後二度聯繫進入官邸，10點30分馬江抵達，面報一個半小時後，黃世銘離開官邸，又隨機接獲總統府隨行秘書電話，雙方當天相約吃午餐，總長在呈交第二份報告後，才回特偵組討論簽結相關事宜，9月5日偵結前，總統就早一步知道，北檢認為總長涉嫌洩密。
檢察總長黃世銘(2013.10)：「問心無愧，我沒有對不起國家跟人民，我沒有虧欠檢察總長這個職責。」
事隔一個月，成了洩密案被告，黃世銘依舊堅持立場，認為北檢屈服於壓力將他起訴，並表明若一審認為他有罪，將辭去總長職務。
司改會執行長林峰正：「總長在被自己的檢察官起訴，還選擇留在位子上，那麼他怎麼去帶領檢察官辦案子。」
連同被告發的特偵組主任檢察官楊榮宗和承辦檢察官鄭深元，都因為罪證不足，不起訴處分，洩密案偵查終結，只有總長黃世銘，無法全身而退。
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