總統府花兩年時間清查，發現陳前總統執政8年，有3.6萬件公文失蹤，93%都沒有歸檔，而且因為跳過了內部文書記錄，現在連這些遺失公文的內容到底是什麼、有沒有關係機密都不知道，將陳水扁、呂秀蓮、蘇貞昌等17人移送監院調查，但民進黨卻表示，這些所謂公文，有可能只是賀卡、紅白帖。對此總統府強調，已經過濾非公文的收發。
98年，前總統陳水扁卸任前，總統府購買高機能碎紙機，引發外界聯想，現在馬總統表達震怒，說扁政府時期，有3萬多件總統府公文，沒有歸檔。總統府發言人羅智強：「馬總統非常地憤怒，指示依法究辦，對這種破壞國家檔案法制的行為，感到不可思議，送請監察院調查，沒有第二種選擇。」
97年9月，檢察署搜索扁辦公室，扣押證物44箱，99年再扣押一批，一共112箱，1500多份文件，這狀況讓馬政府趕緊徹底清查，整整花了兩年時間，發現3萬8924件公文中，歸檔率只有6.76%，其中外交部秘抄2萬5398件，僅64件歸檔，2萬5334件不知去向；但外交部秘抄照流程，送進總統府後，經過收發程序，總統府管理編目，用畢再交還外交部，現在公文毫無記錄、下落不明，內容事關哪些機密？
總統府發言人羅智強：「裡面的這些文件的內容是什麼，也只有五長辦公室的人知道，只要是上面標明要進五長辦公室的，他就全部跳過內收發的系統。」
前總統府副秘書長陳其邁：「那別人寄給我的生日卡、聖誕卡，甚至我信用卡的帳單，這個都要列入歸檔的資料裡面嗎？政治操作我覺得相當不可取。」
民進黨駁斥，既然無法判定是機密或可能只是賀卡，這樣貿然移送監察院，政治動機可議，雖然總統府強調，由於跳過內部收發，沒有電腦紀錄，靠人力清查，才會花費兩年時間，到現在才移送，但在選舉前大動作，難免引發爭議。
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