美國國務院在得知台灣開票結果之後，給台灣的賀函內容，恭賀對象是給「台灣人民」，與2000年總統大選時，直接恭賀陳總統有所不同，加上美國在台協會台北辦事處處長包道格，跟藍綠陣營連絡，希望跟扁連兩位候選人會面，也引起外界關注。對於美方關切台灣選舉，引起的可能政治聯想，行政院長游錫堃跟總統府秘書長邱義仁，都在今天作出說明。
台灣選舉結束之後，美國國務院恭賀「台灣人民」進行民主競選活動，並普遍行使民主投票權。
駐美代表程建人指出2000大選時，不論白宮還是國務院，恭賀的對象都具體寫出陳水扁和呂秀蓮，這次則沒有。這是否對台灣選舉結果表示懷疑，行政院發言人林佳龍對外說明。
行政院發言人林佳龍：「美國恭賀台灣人民進行民主活動，同時也了解中選會已經宣佈泛綠，就是陳總統以些微的差距勝選，他們也表示知道，泛藍陣營有些質疑，不過最主要他們提到有信心，就是台灣人民都會保持冷靜，並利用已有的法律機制，也就是國內的法律程序，解決涉及到選舉爭議的任何相關問題。」
另外，對於泛藍立委對群眾宣布，美國在台協會台北辦事處處長包道格，將介入這次的選後糾紛會見陳水扁總統，要求全面驗票的說法，扁呂總部反駁，這是以訛傳訛。
總統府秘書長邱義仁：「包處長選前就已經跟雙方候選人都已經聯繫，約好要見面，這跟說什麼要來做中間調人啊！解決選舉的紛爭啊！毫無關係。」
美國務院新聞官員：「美國恭賀台灣人民進行民主競選活動，並以大規模的人數行使民主投票權，我們有注意到中選會，已宣布泛綠以顯微差距勝選，我們也知道泛藍聯盟，針對結果有提出質疑，我們有信心雙方以及他們的支持者，都將保持冷靜，並透過現有的司法機制，來解決任何有關選舉結果的問題。」
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