高雄捷運案件越演越烈，陳總統再度站上第一線，責成葉菊蘭組成專案小組，只是歷任市長要接受調查，連謝長廷也列名其中，不僅讓外界好奇，從之前的缺水危機、最近的二次金改，一直到現在高捷弊案，是不是扁謝關係再次面臨低蕩。
扁謝兩人關係生變嗎？星期四傍晚府院例行會面，總統並沒有當面告知謝長廷，他將面對葉菊蘭的調查。
事後知道，即使不會公開說不滿，但心理的感受可想而知。行政院長謝長廷：「只有查我不公平，歷任都查才是公平的。」
其實，高捷弊案遲遲未釐清，謝長廷還變成首要指控目標，民進黨甚至背負弊案連連的污名，確實讓總統相當不以為然，親自損害管制，第一時間批准陳哲男和陳敏賢的請辭，第二步，勢必要處理謝長廷身上的爭議，儘管府院澄清沒有不合，但是兩人關係，確實再度受到考驗。
2個月多前，桃園缺水，水還沒來，各部會反而陷入功過之爭，親自跳上火線的陳總統和嚴肅凝重的謝長廷，還讓人印象深刻。總統陳水扁（2005.8.11）：「到底院長在做什麼？」行政院長謝長廷（2005.8.11）：「我是總統任命，我做不好表示總統選擇錯誤。」
缺水危機才過，扁謝關係再受考驗。
總統一手推動的二次金改，沒有確切落實到行政政策，還引起外界圖利財團的批評，總統要前行政院長游錫堃，直接告知現任副院長吳榮義，趕快說明推動，再度引發架空謝長廷，總統逾越行政權的揣測。
從昔日的長扁之爭，到後來的扁長合作，這兩位一路走來，互相較勁、互相扶持的瑜亮，會不會在沒有跛腳總統的強勢下，再度釀出心結，關乎府院，甚至整個民進黨政府的指揮中樞。
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