對於中研院院長的遴選制度，陳水扁總統表示，雖然總統有任命權，但是還是由中研院的委員會決定，對此，李遠哲也向總統表示，有修改的必要性希望得到立法院的支持。
總統陳水扁：「中央研究院屬於總統府，結果總統無權任命院長，如果按中央研究院組職條例，由中研院遴選1位人選，直接交給總統來任命，但是人總統不能決定，是由評議委員會決定，他的建議是要修改，現在這個案件送到立法院，就是由評議委員會遴選3位，總統圈選一位， 再來任命，他覺得這樣比較合理，這個構想、法案也拿到立法院向王院長報告，也取得王院長的支持，但是在立法院卻不是這樣，還是被阻擋了， 所以他也說，他很失望，對國民黨很失望。」
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