這次選舉中，行政院長謝長廷同時肩負競選總部主委，拿不出好的政績，自己的責任區澎湖也失守，讓謝長廷自責，說愧對民進黨，儘管如此，在蘇貞昌下臺，黨政不宜同時變動的情況下，謝長廷可望繼續留任閣揆，不過，內閣改組似乎難以避免。
行政團隊一字排開，卻沒有交出一張漂亮的輔選成績單。行政院長謝長廷：「這表示我們的作為跟人民跟我們的群眾，有一定的距離跟落差，澎湖縣最後也輸掉了，我個人覺得，相當對不起這個黨。」
謝長廷的自責不是沒有原因，儘管府院黨一再定位這次是地方選舉，不過還是演變成政黨對決。
上任以來，端不出讓選民信賴的政策牛肉，重創民進黨選情的高捷案，更讓來自高雄，肩挑競選總部主委的謝長廷很難揮灑，陳總統這句話，更是給謝長廷，重重一拳。陳水扁總統（94.12.1）：「高捷這件事情，這是高雄市的事情，高捷在高雄市長是謝長廷，大家都知道說，我跟他的關係，其實..當然我們是很好的夥伴，可是也有一些緊張嘛！」
為了在2008前，拿出具體成績單，內閣大幅改組勢在難擋，不過在蘇貞昌辭主席的前提下，黨政兩大支柱不宜同時變化，因此，謝長廷暫時按兵不動可能性較大，也不排除加入這次縣長合作的友好人士，加入團隊振奮士氣。對謝長廷來說，先得在閣揆位置上化危機為轉機，才有可能再想2008。
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