國安會兩位副秘書長張旭成跟蔡明憲被調職，透露出來的另一個重要訊息，是秘書長邱義仁獲得留任。只是邱義仁長期以來，跟總統的密切關係，還屢次扮演選舉操盤者的角色，也讓他的留任，引發更多議論。
馬永成、林錦昌請辭獲准，大家都在猜邱義仁是不是下一個，陳唐山的答案斬釘截鐵。總統府秘書長陳唐山：「邱義仁我的了解他不會離開，一定會再留任。」
身為新系大老的邱義仁，可以說是陳總統身邊的頭號軍師，與總統關係密不可分。總統倚重邱義仁，不只是在國安兩岸政策，甚至連民進黨選舉，邱義仁都是核心操盤手。
無論是上台輔選拉票，或是幕後運籌帷幄，對於選舉邱義仁總是眼光特別準，就算當了國安會秘書長，他訂出的「割喉戰策略」，曾經在大選時帶領民進黨殺出重圍。
只是年底縣市長選舉，卻敵不過執政不佳的影響，敗下陣來。記者：「民進黨是不是該檢討？」國安會秘書長邱義仁(2005.12.4)：「跟今天沒有關係。」記者：「未來應該朝什麼方向檢討？」邱義仁：「那個跟今天的事情沒有關係，看到我沒有用我這個是廢物，你找我幹什麼？」
總是這麼低調，因為他身兼6年來，權力最大的國安會秘書長，從總統元旦文告，到最近的國安報告，都看得到邱義仁幕後獻策的痕跡，更被形容是國安會擴權的代表作。
只是隨著總統，宣誓改革自清，國安會官員不能涉入黨務，這也象徵著，曾經包山包海，權力的國安會，將成為「諮詢機關」，邱義仁不動如山，未來他的角色將如何從新定位，外界持續關注。
