陳總統的國務機要費引起爭議，李前總統之前說過，他過去都是依法報帳，暗喻他和陳總統不同，不過審計部今天透露，民國86年，也就是李登輝時期，同樣發現有核銷的瑕疵，只是當時不了了之，這其實突顯出，國務機要費申報，一直沒有透明標準的申報程序。
記者(2006.7.28)：「以前怎麼用國務機要費？」前總統李登輝(2006.7.28)：「就按照政府規定去處理啊！」
陳總統陷入國務機要費風波，李前總統輕描淡寫，要突顯他可不一樣，不過審計部的說法，讓李前總統的說法，被打了折扣。
審計部發言人王永興：「在86年度以前，我們是沒有查核，因為86年度的時候，我們發現這個國務機要，用一個領據來報銷，似乎有一點跟規定不合。」
審計部點到一個關鍵，民國86年還是李前總統主政，當時審計部就已經發現，國務機要費報帳有瑕疵，但之後卻不了了之，而這樣的狀況，政黨輪替後依舊沒變。
王永興審計部發言人：「在91年度的時候，我們有去查核，那查核之後發現，程序有一些瑕疵。」郭正亮民進黨立委：「意思就是說92年以前，國務機要報帳，相對容易非常多，可是你們從來沒有，做過這種說明，你們就讓人家誤以為說，民進黨就是亂搞，我們總統特別不會理財，你就是讓人家留這種印象。」
原來，不管是國民黨執政，還是民進黨當權，國務機要費核銷，始終沒有標準作業程序，所以一旦出現爭議，就出現為何以前沒事，現在就有事的爭議。
