總統9月3日出訪，現在行程已經完全確定了，總統會乘坐空軍一號，不過只飛到帛琉，空軍一號就會返航回台灣，接下來到諾魯的行程，總統則改搭民航機，再到飛往關島，等於出動了3架飛機，才完成任務。而且因為飛機座位有限，電子媒體還必須中途自行搭機返台。這也被外界視為，史上最複雜的元首出訪規劃。
總統9月3日訪南太平洋，行程終於確定了！總統府副秘書長劉世芳：「空軍一號外面所漆的這個國旗標誌的主權宣示非常的強，所以美方不建議我們用空軍一號過境，空軍一號不在帛琉過夜，到了之後就返回台灣。」
總統希望搭乘空軍一號，美方又堅持不讓畫著國旗軍機的降落關島，折衷之道，就是中途換飛機。
9月3日總統搭著空軍一號，媒體搭乘民航機出發，同時抵達帛琉，然後空軍一號空機返台，另一架民航機從台北空機出發接替，不過，飛機名額有限，電子媒體記者，必須自行搭機返台。
只有平面媒體能夠跟著總統繼續行程，搭乘2架民航機，前往諾魯以及關島，回程時，總統特跟媒體搭乘同一架飛機返國，用行動打破外界質疑他會不會繞跑的指控，如此交通安排，錯綜複雜，最讓人好奇的是為什麼總統非要搭空軍一號不可？
總統公共事務室主任李南陽：「空軍一號的續航力不夠遠，但這次比較近，他有外交歷史的意義。」
但這樣的歷史意義代價不少，民航機加上空軍一號空機往返，成本當然國庫買單。
國民黨立委林郁方：「你根本不用搞那麼多的飛機，對不對？一架飛機就可以搞定，就可以省下很多的錢，(油錢)每1個小時就要花38萬，38萬，這樣又是幾百萬就沒有了。」
國民黨立委蘇起：「難道空軍一號上到底會有什麼人有什麼東西，總統那麼有興趣，非要把他從台灣帶出去不可？」
正值國內倒扁敏感時機，總統堅持搭乘空軍一號，創造出史上最複雜的元首出訪規劃，目的和花費，都讓在野黨提出強烈批判。
