國務機要費爭議紛紛擾擾了這麼久，總統本人曾數度親自出面解釋，第一次拋出「轉型正義」的概念，第二次則是保證國務費沒有一分錢進到私人口袋，不過總統始終沒有承諾，如果涉案要「下台負責」，也看得出來，對於國務費爭議，總統心裡似乎早有盤算。
國務機要費爭議，6月份李慧芬就出面指控，總統雖然多次邀集立委名嘴進總統府面談，甚至拿出單據要證明自己的清白，但直到8月，才首度自己出面解釋。總統陳水扁(2006.8.12)：「統府國務機要費的使用，或者總統官邸用人的問題，這是整個轉型期的後遺症，這就是要改但是在改的過程，我們也不能夠有雙重標準。」
總統拋出新名詞，也點出下一階段國務機要費攻防的大方向，就是國務費包含機密性質，用途不能透露。陳水扁(2006.9.8)：「全部用在公的方面，絕對沒有納入到私人的口袋。」記者：「不然您就會負政治責任下台嗎？」陳水扁：「我已經說過N遍，你要我說幾遍！」
其實針對國務費，總統從來沒承諾，有違法就要下台，相較先前SOGO案，總統直接承諾，如果夫人有直接拿禮券，他就會下台，對國務費，總統明顯謹慎許多，縱使如此，民進黨執政高層，早就有人把醜話說在前頭。行政院長蘇貞昌(2004.10.24)：「我一直始終認為，任何的政治人物，如果涉及弊案，涉及貪污，就應該下台。」立委：「所以總統也不例外是不是？」蘇貞昌：「總統當然也應該這樣，而且，應該更高的標準。」
國安會秘書長邱義仁，也強調總統夫婦如果有涉案，就該下台，這個底線，也是黨政高層設立的最後一道防火牆，只是現在案情偵結，不只總統夫婦無法全身而退，也讓民進黨府院高層，陷入前所未見的困境。
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