一旦檢方認定總統夫婦涉嫌貪污，第一家庭將面臨1400多萬元的追討命運。在卸任元首的禮遇部分，陳水扁貪污罪判刑確定之後，所有的禮遇會立刻停用；但是如果陳總統在今年12月31日前自動請辭，他還是可以擁有卸任總統的全部禮遇，因為立法院卸任禮遇條例剛修正完畢，施行日期是明年1月1日。
夫人吳淑珍涉嫌貪污遭起訴，檢方查出的1400多萬元不法發票，現在審計部正考慮追繳討回。審計部發言人王永興：「根據總統府將提的申復案，以及這次檢察官的起訴書，我們作整個綜合的研判，再作最後的決定，所謂的貪污應該要收回來啊。」
依法檢察官在三審定讞前，就可以先行向總統追繳甚至扣押財產。不過法界人士認為，尊重他還是國家元首加上並非上億元貪污，陳瑞仁應該不會這樣讓他難堪。但可以確定的是，只要總統被追訴判定貪污，元首禮遇就沒了。立委雷倩：「如果他是犯罪卸任的話，他的禮遇是完全排除的。」
但如果陳水扁在今年年底前請辭，他還有最後機會。律師李復甸：「至少在他起訴以後，判刑確定之前，他的禮遇是存在，可是他的條文上面寫好是從96年1月1日開始施行，這個是條文立法的時候非常不完整的地方。」
不過法界人士表示，依照目前起訴書的犯行內容，即使最後吳淑珍三審定讞無罪，陳水扁總統也不一定能全身而退。
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