前中研院長李遠哲隔海呼籲陳總統慎重考慮去留，引爆政壇震撼彈，事實上從陳瑞仁起訴書出爐後，綠營親扁人士也有不少批判火力出現，只不過在民進黨中央安內策略下，最後幾乎噤聲，這回李遠哲出手，會不會引發骨牌效應，令人關注。
高檢署發言人張文政(2006.11.03)：「陳總統的夫人吳淑珍女士等4個人，分別涉有共同貪污。」
從11月3日起訴結果公開這一刻起，民進黨和綠營人士不只錯愕，更是陷入空前危機，隔天立刻有人開了第一槍。
不只林岱樺轟出第一砲，行政院長蘇貞昌也傳出擬好辭呈絕不戀棧，民進黨內人心惶惶，謝長廷甚至說出總統下台，不是天崩地裂的驚人之語。民進黨台北市長參選人謝長廷(2006.11.05)：「這個不是一言兩語可以解釋清楚，有機會我會好好解釋。」
曾經是陳總統得力左右手的前總統府秘書長陳師孟，也不認為陳總統應該堅持下去，民進黨內前新系批判火力更是蠢蠢欲動，不過總統向人民報告後，保皇派和改革派激辯相抗，蘇貞昌甚至在會中也發言暗批總統，還傳出紀萬生轉述呂副總統曾經說過這段話。前美麗島受刑人紀萬生：「她告訴我，扁心術不正啦！」
到了11月8日，民進黨擴大中執會，保皇派大獲全勝，作成扁珍不處分，不送廉政委員會的決議，綠營人士的批判，幾乎到此熄火，就在這個時刻，李遠哲出手，越洋重話呼籲陳總統，必須慎重考慮去留問題，這個舉動，再對民進黨投下一顆震撼彈。
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