國民黨主席馬英九新一波人事改組，秘書長吳敦義的安排，被視是為了反制立法院長王金平，由於吳敦義並沒有辭去立委職務，一方面可以消弱王金平在立法院的影響力，另一方面甚至可以隨時取代王金平院長的職位，對於這項人事安排，王金平則顯得老神在在。
馬團隊新人事佈局，立委吳敦義接任秘書長，被視為馬英九把手申入立法院，為的是牽制王金平，分散權力。立法院長王金平：「立法院不是一朝一夕的，總操盤手還是落在執行長，要當執行長，也是長期培養出來的。」
王金平這話聽起來有玄機，表明在立法院是他在當家，只是馬英九安排吳敦義擔任秘書長這招，外界實在很難不作一些聯想，特別是吳敦義不放棄立委職務。國民黨立委吳敦義(2006.1.5)：「不會辭掉(立委)，在地方選區的服務，還會繼續加強。」
吳敦義鎮守立法院，似乎頗有箝制王金平的味道，不但讓王金平無法獨攬國民黨的策略，要是王金平有其他政治動作，包括接任閣揆，甚至參選2008，吳敦義也可以馬上補位，馬英九這波新的人事佈局，黨內外再度王馬關係的角度進行觀察。
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