邱毅妨礙公務遭判刑確定，但是何時入監，卻又引爆高雄地檢與高分院對立。雄檢兩次發文要邱毅4月3日入獄，卻沒想到邱毅提出抗告，高分院兩次都認同邱毅的看法，讓地檢署相當難看，邱毅甚至表示地檢署急著要他入監，是腳尾飯事件翻版。
一大早就忙著趕飛機，每天都要南來北往的立委邱毅，對於自己因為妨礙公務遭到判刑1年2個月，已經定讞沒有什麼意見，但對於高雄地檢署三番兩次，就是要他4月3日入刑服監，而且理由竟然是怕他有逃亡之虞，他實在覺得難以接受。立委邱毅：「他自己竟然不守法，對高分院一致裁定違法執行，你還來第二次，又裁定違法執行，你還再說三道四，然後還說我有逃亡跡象。」
邱毅越說越生氣，甚至表示高雄地檢署的作法，根本就是腳尾飯事件的翻版，不過對此，地檢署沒有正式回應。高檢襄閱主任檢察官鍾忠孝：「法院並沒有規定說，一定要等被告搜索盤結以後，才可以執行，所以我們對高等法院高雄分院的裁定，提出抗告。」
這是3月29日，高分院裁定撤銷執行命令，而雄檢在29日當天隨即又提出抗告，卻沒想到2天之後，又被高分院裁定撤銷執行命令，立委邱毅違法遭法院二審定讞，必須坐牢1年2個月，但什麼時候該去執行，目前還不確定，但卻意外引爆地檢署和高分院的對立。
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