針對北北基有意從民國100年起自辦基測，教育部先行出招，在新修訂的高級中學法草案裡，將招生、入學以及學區劃分的權限，通通收回中央，對此台北市教育局不滿的表示，市立高中是由地方來負擔經費，中央卻想主導大權，好像不負擔小孩的教養責任的父親，卻又想當孩子的爹。
北北基自辦基測還沒上路，教育部先出招，要把入學方案的權限收回中央。北市教育局長吳清基：「全部由中央來立法管理，教部作法是中央集權在開倒車。」記者：「就像教育部生了個小孩，然後不養，卻又要叫爸爸，你有說過這句話嗎？」吳清基：「的確有這樣的事實。」
教育部新修訂的高級中學法，把原本隸屬於地方主管機關負責的入學辦法，現在收歸中央，如果根據舊法北北基有權利來自辦基測，不過這樣一來，像是師大附中以及政大附中等國立學校，可能會被排除在外，而在新法中，教育部直接剝奪北北基自辦基測的法源依據，杜正勝認為沒有針對性。
教育部長杜正勝：「我們在構思12年國教的時候，就一起在法制面一起考慮，這跟台北市要自辦基測，所以才要用這個法來阻擋他，這個都是不相干的。」
面對教育部不用負擔大筆的人事會計經費，卻又要插手主導課程和招生業務，這針對北北基而來的新法修訂，讓地方政府氣到跳腳。
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