陳菊確定穩坐高雄市長寶座，官司結果揭曉時，陳總統正在苗栗跟基層座談，總統得知判決結果後，立刻表達對司法的感謝，只是總統有感而發地說，贏一票也是贏，不能因為對手贏得不夠多，就一直打官司，耗費社會成本。
在陳菊官司宣判前5分鐘，陳水扁總統的貼身隨護全都在飯店緊盯電視，掌握第一手消息，在判決陳菊當選有效後，立刻將消息傳給陳總統。總統陳水扁：「感謝司法還給台灣民主、市民一個公道，還給高雄市陳菊市長一個清白，司法判決已經出爐、也定讞，所有的紛爭就到此為止。」
感謝司法，也欣慰這樣的判決，陳總統有感而發，認為總不能對手贏得不夠多，就一直打官司。陳水扁：「因為選後輸贏不多，而找出各種的理由，來訴求選舉不公，不管是當選無效或選舉無效的官司，耗費多少社會成本。」
陳水扁：「我也是受害者之一，2004總統大選結果，雖然我贏得不多，但所謂的『民主』，就算是贏一票也是贏，但就是有人不服氣！」
一切到此為止，陳總統說陳菊繞了一大圈，才穩住高雄，他感嘆自己2004年的大選官司，也耗費太多成本，但2008選舉對決，爭議恐怕無法到此為止。
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