第一位文人國防部長楊念祖，上任6天就迅速請辭，這次洪仲丘案後，馬英九為了平息民怨，親上火線慰問家屬，也強調改革制度，但身為三軍統帥的馬英九，國軍出包不但不力挺，反而多次公開痛批，軍審法修正迅速通過，更是嚴重打擊軍中士氣，加上之前頻頻削減軍人福利，這次洪仲丘案，馬英九恐怕大失軍心。
總統馬英九(08.04)：「一定要把這個毒瘤，把它挖出來把它丟掉，軍中才能真正的發揮功能。」
洪仲丘枉死軍中，總統馬英九親上火線，慰問家屬，直接講明要剷除軍方毒瘤，對國軍說重話毫不客氣。馬英九(2013.7.18)：「我會繼續地關心、繼續地督導，一定要藉這個機會，把改革貫徹。」
馬英九(7.15)：「絕對的權力，使人絕對的腐化。」
馬英九(7.18)：「我感到痛心跟遺憾。」
身為三軍統帥的馬英九，國軍出包後，不但沒有支持安撫，反而多次表態不滿，陸軍擅自頒發旌忠狀給洪家，更讓馬總統在黨內中山會報上開罵，而軍審法修正迅速通過，幾乎是最後一根稻草，引爆軍方的反彈情緒。
前行政院長唐飛(08.06)：「我敢大膽講，就是草率，完全是政治操作，在所有配套、做法都沒有去規劃之前，就把它(軍檢)去轉移過去了。」
從軍40多年的前行政院長唐飛，憂心忡忡，擔心軍隊失去士氣，平面媒體也報導，前閣揆郝柏村認為，改進軍法制度的同時，還是要注意如何維持國軍的榮譽和軍心，不要一起殉葬掉，而其實總統和軍方的距離，從上任後就很遙遠。桃園退休軍人協會人員(2012.11.8)：「罷免馬英九、救救國民黨！」
大砍年終慰問金和18%，一再刪減軍人福利，軍方也只能把不滿往肚裡吞，馬英九對軍演更是意興闌珊，上任5年才首度校閱漢光演習，卻只待了6分鐘，三軍統帥不重視軍方，這次為了平息民間抗議聲浪，恐怕大失軍心。
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