進口蛋爭議燒不完，民眾黨總統參選人柯文哲質疑，農委會過去從澳洲進口空運來台的雞蛋，一顆最高補貼竟然高達32塊，可便利商店買一顆茶葉蛋頂多10至12元，怒轟政府大撒幣5.7億究竟是誰圖利？農業部長陳吉仲就澄清，進口雞蛋補貼32元是因緊急採用空運，事實上平均一顆補貼3.8元，且政策效益是雞蛋專案進口5.7億元的10倍以上，「農業部沒有圖利業者，而是讓全民得利！」
柯文哲狠酸農委會沒管控好供需，卻欺騙人民蛋荒都是因為禽流感，而時任農委會主委的陳吉仲還可以升格升官，要農業部說清楚，「原本是政策與產業『對接協調窗口』的中央畜產會，為何球員兼裁判跳下來『自辦進口』？肩負『台灣農產品外銷國家隊』的台農發公司，為何角色錯亂，倒過來扮演起進口商？政府撒幣5.7億補貼雞蛋進口，是全民得利？還是你在圖利?」
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陳吉仲也在臉書回擊，3月到7月進口雞蛋共1億4882萬顆，空運數量537萬顆、僅占3.6%，其他皆為海運，空運專案也只有3月與4月實施，因當時國內雞蛋生產不足、黑市價格猖獗、民眾排隊買不到蛋引起嚴重民怨，首批才採取澳洲空運進口來台方式，以解燃眉之急。
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他也強調，全球禽流感大流行各國出現搶蛋潮，臺灣也受災情影響，另外進口雞蛋未因供過於求放到爛掉，國產雞蛋更不可能滯銷。至於中央畜產會根據畜牧法協助進口雞蛋事宜一切合法，質疑柯不知中央畜產會如何成立，陳吉仲指出中央畜產會是依據畜牧法而成立的財團法人，為的是有效維持畜產品產銷制度、促進畜牧事業之發展，並不是以賺錢為目的。
而專案進口後蛋價平穩是事實，陳吉仲強調自從3月第一批進口雞蛋抵達後，產地價才一路回穩到6月的一台斤43元和7月的40.5元，每顆蛋零售價格至少減少2.2元，消費者在3到7月所需的30億顆蛋，總體減少60億元以上的支出，政策效益是雞蛋專案進口5.7億元的10倍以上，「農業部沒有圖利業者，而是讓全民得利！」
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