陳建仁正式就任閣揆之後，身上的爭議卻還沒平息，因為這回出任行政院長，已經是他生涯中第6次被借調，國民黨質疑陳建仁再度回歸中研院屬於延長聘任，按規定不能借調，但中研院聲明，陳建仁算是新聘，而非原職務延任。
國民黨文傳會副主委林家興：「這中間是否有規避中研院自己的內規，投機取巧的問題，難道天主會接受嗎？」
質疑陳建仁，這回是違規鑽漏洞才能出任閣揆，因為關於借調有這明文規定。
對於外界批評中研院澄清，陳建仁在2015年，是自行請辭特聘研究員職務，才去擔任蔡英文副手人選，而卸任後回歸中研院，是屬於新聘不算原職延任，因此沒有違反規定，就連中研院副院長也跳出來，說同等人才在港薪資是中研院4倍，新加坡3.5倍、美國3倍、大陸2倍，對於陳建仁被侮辱很不公平。
國民黨發言人蕭敬嚴：「陳建仁超過65歲也是事實，超過65歲是延長(聘任)也是事實，陳建仁為了自己一個人的後路、私利，要做為全國唯一這樣子的例外。」
國民黨再指出，今年已經71歲的陳建仁，已經超過65歲界線，按規定就算是延長聘任不得借調，而且從卸任副總統的禮遇金來看，4年可領2264萬，但如果再任有給公職，禮遇就應當停止，而回歸中研院特聘研究員，49萬月薪加1.5個月年終，4年可領2646萬，高於副總統禮遇金。
新北市議員(民)卓冠廷：「完全不用工作就有的禮遇，跟你必須要努力做研究才能獲得的薪水，這會一樣嗎，所以實際上陳建仁院長最不貪財。」
儘管陳建仁已經走馬上任，但借調是否有正當性，藍綠持續互相緊咬。
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