最新一期壹週刊報導，今年2月，當時還是候選人的馬總統召開幕僚會議，曾決定在扁案三審定讞後，考慮是否「特赦」，消息傳出，立法院不論藍綠立委都無法接受，總統府也在上午出面駁斥，說這報導是無稽之談。
前總統陳水扁才剛起訴，藍綠還在為了釋放跟抗告炒得不可開交，沒想到又傳出原來總統府內有高層贊成特赦？國民黨立委氣得跳腳。
國民黨立委吳育昇：「這個講法太傷害社會、太傷害司法，這個時候去討論陳水扁要不要特赦的人，基本上都是對國家的司法沒有信心的人，基本上這個時候對一個窮兇惡極，貪污到今天還不承認悔改的陳水扁，去談特赦的人，都是在包庇貪污犯的人。」
藍軍不能接受，連民進黨立委也不領情。民進黨立委陳亭妃：「是不是馬英九他們，早就已經把版本都寫好了，劇本都寫好了，就是預設說陳水扁總統就是有罪。」
週刊報導，馬總統是在上任前就召開了幕僚會議，贊成的人是總統府秘書長詹春柏，認為考量台灣人情感，應該特赦，但會中也有不少反面意見，最後才拍版等到三審定讞後，再來考慮特赦問題。
總統府公共事務室主任蔡仲禮：「根本不可能去討論到，所謂的特赦或是不特赦的問題，所以今天有關媒體的報導，基本上我們認為是空穴來風、子虛烏有、不足採信。」
強調報導子虛烏有，有關陳前總統涉入的司法爭議，總統府不想涉入，態度始終如一。
