張善政申請農委會5736萬元的經費研究案，被周刊爆料有抄襲嫌疑，對此農委會主委陳吉仲表示還在了解中，如果有需要會請當事人說明，至於對手批評寫個報告就能拿五千萬，張善政強調，經費大多都用在全台巡迴，和辦研討說明會。
張善政團隊定調，報告本就是幫農委會收集資料，頂多是來源標註有瑕疵跟抄襲無關。
師大公領系教授曾冠球：「你一定要註明出處，你是在介紹國外的經驗，所以你很多時候會去看國外網站，這個時候比較有引介的成分，他就比較沒有所謂抄襲的問題。」
農委會主委陳吉仲：「是不是讓我們了解所有的，相關的這些資訊跟細節之後，再跟各位報告。」
行政院長蘇貞昌：「我們等到了解全貌後，相關問題再來回答以及再來處理。」
但至於是不是抄襲，農委會行政院話不敢說死，但最讓大家最好奇的是，這幾百頁的報告，真值政府花五千多萬嗎？
張善政：「我們巡迴台灣很多很多農業研究單位，去做座談會簡報，這個計畫的經費有很大一部分在做這些。」
強調千萬經費不只是紙上談兵，96年度座談會的照片和研討會邀請函，等等都確實有辦，97年宏碁團隊跟親訪澳洲，看看國外應用實務，後續也規劃一系列的，系統分析設計書作業流程和測試報告，其中審查實地查核紀錄也超過十場，期末巡迴成果報告也都有附上。
學者的確認為，這和個人論文性質不同，當時負責計畫的，農委會中心主任林貞已退休多年，也發文澄清挺張善政，當時的宣導推動，讓他們獲得行政院的科發基金，希望能摒棄選舉抹黑，但幾小時後文章就下架，這回新開一道抄襲門，就知道桃園一級戰區，不是說說而已。
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