一連串綠營政治人物遭到收押、起訴，引發綠營支持者質疑司法追殺，連曾經承辦國務機要費的檢察官陳瑞仁都直言，辦案不應該集中辦藍或辦綠，檢改會也發出新聞稿，強調應該要符合比例原則；不過，讓人最意外的是，法務部次長黃世銘居然面對鏡頭公開說，掌權的時候不好辦，所以改朝換代，才會給人感覺有政治清算的印象。
蘇治芬、陳明文、陳水扁，看在綠營人事眼裡，司法實在太不公平。民進黨文宣部主任鄭文燦：「辦綠不辦藍，第二個是對於，還沒有證據的一些案件，不是押人取供，就是未審先判。」
綠營的謝蘇獲判不起訴，呂秀蓮、游錫堃、陳唐山起訴，連戰跟蕭萬長，檢方透露，是因為首長任內的發票年代久遠，後來又冒出太多案件只好先擱置。
只是藍的可以擱置，辦綠的卻如此急切，連當初起訴吳淑珍的檢察官陳瑞仁都看不下去，直言應該避免「辦案對象群組化」，也就是集中辦綠或辦藍，而且不能只靠問心無愧，發動偵查、結案時機，有時需有政治考量，才能避免捲入政治風暴。
檢改會也發佈新聞稿，指出執法不應該受政治干預，但應考慮社會政治成本跟比例原則，呼籲法務部長及司法院長，應公開鄭重提醒司法官衡平執法。
法務部政次黃世銘：「在野的不太可能貪污，在朝的才有可能貪污，所以辦在朝的人，政黨輪替以後，辦在朝的人，在朝的官員貪污，這是很正常的現象，沒有所謂選擇性辦案。」
連法務部都坦言，辦案跟在朝、在野的確相關，台灣司法到底還有沒有說服力。
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