經歷上一回吳淑珍嫂嫂陳俊英，自稱吞藥昏倒送台大，沒有驗尿就開立診斷書，院方飽受批評，這一回陳水扁驗傷，台大要求創傷部主任柯文哲要「好好辦」，結果，柯文哲只交代了值班醫師「該怎麼辦就怎麼辦」，也就是比照一般人驗傷程序；不過，柯文哲自稱是「墨綠色」，2000年大選挺扁不遺餘力，不改大砲性格，他認為陳水扁雖然有做錯事，但相關單位怎麼就沒辦連宋？
台大創傷醫學部主任柯文哲：「(11日晚上)副院長跟我說，等一下陳水扁要來驗傷，他說上一次急診內科搞砸，他說你們這次外科給我，好好辦，自己看著辦。」
還記得上回，吳淑珍嫂嫂偵訊到一半就昏倒送台大，如今，陳前總統羈押庭開一半，也到台大，院方這一次要創傷醫學部主任柯文哲負責，他一向認為「該怎麼辦就怎麼辦」，連和陳前總統打個照面，都沒有。柯文哲：「這種情形下，照面多傷感情。」
於公，只要求值班醫師到場驗傷，於私，柯文哲原本也是扁友會的一員，怎麼看待陳前總統被羈押。
柯文哲：「我相信(陳水扁)做錯事有，但是我還是那句話，『針對性』太高了啦，怎麼…如果照這標準，連戰、宋楚瑜怎麼沒事？那時候挺他(扁)是那時候挺他 ，我現在有點『困惑』，到底怎麼一回事？」
曾痛批台大教壞前總統女婿趙建銘，而扁嫂吳淑珍第17次請假，他也直言台大被政治凌虐，這次似乎五味雜陳。柯文哲：「我現在，心情就像明朝末年，那個顧炎武。」記者：「為什麼？」柯文哲：「看國家快亡了，卻不知道該怎麼辦。」
更多的想法，不願多說，晉身為台大主任級醫師，柯文哲恐怕和院方一樣，不希望再沾染太多政治味。
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