陳水扁在法庭上公然譏諷，調查局給他的情資常出錯，引起基層調查員強烈反彈，內部網站出現一篇文章，抨擊陳水扁是撕裂族群、分化政黨的人，葉盛茂像忠犬般付出卻被關進大牢；對此調查局長吳瑛呼籲全體同仁「忍辱負重、共度危機」，但也有調查員認為陳水扁說的是真話，同仁自己要檢討。
8日下午，就在扁葉對質庭訊剛結束，調查局內部網站PO出一篇文章，文章主題是老葉應做的最後一件事，對於陳水扁說調查局呈報的情資常出錯，嚴詞反擊一個整天撕裂、分化族群政黨的人，竟得了便宜還賣乖；葉盛茂如同忠犬般付出，下場卻是全體調查員一再被凌遲，如果想將功贖罪，應該要揭露過去陳水扁曾干涉偵辦案件等不法作為，以示悔改。
不到一天，這篇文章引起近千名調查員熱烈討論，大罵葉盛茂不公不義，害得民眾和檢方，對調查局信任度大大降低，傷害太大，只求一個不被外界質疑、不會被長官出賣的乾淨辦案空間。
不過也有人認為，內部有害群之馬，同仁自己應該檢討，對於內部網站的唇槍舌戰，調查局長吳瑛的回應不令人意外地，呼籲全體同仁忍辱負重、堅守崗位、勇敢面對、共度危機；只是這番話，似乎鼓勵作用不到，基層反問，如果再沒有積極改革作為，不知道要忍多久才能平反。
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