特偵組偵辦陳前總統洗錢案，因檢察總長陳聰明，是特偵組的頂頭上司，卻又捲入前調查局長葉盛茂涉嫌隱匿公文案，雖然這部分基於當事人迴避，已由北檢接手，但陳聰明是陳水扁提名，和前第一家庭頗有交情，外界質疑公正性，認為他應迴避，不宜繼續指揮偵辦。
檢察總長陳聰明多次進出特偵組，掌控洗錢案最新的偵辦進度，總長關心案情理所當然，只是又爆發前調查局長葉盛茂涉嫌隱匿公文，他又被列關鍵當事人，再加上陳聰明能出任檢察總長，是陳水扁提名、立法院通過；而曾被拍到，到黃芳彥家中喝春酒，和前第一家庭頗有交情。
儘管隱匿公文案，北檢接手偵辦，但和洗錢案密切關連，陳聰明身分敏感，案子會不會很難往上辦？法務部次長黃世銘：「提名和辦案無關根本不必迴避。」記者：「社會大眾的觀感。」黃世銘：「這不是法定的迴避原因，陳總統提名陳聰明，但這不是他辦案該迴避的原因。」
法務部力挺陳聰明，特偵組也表示辦案沒壓力。特偵組發言人陳雲南：「特偵組是總長指揮的單位，他可以隨時進來，總長指示我們依法秉公處理。」
檢察總長有權指揮辦案，雖然法務部力挺，但誰能保證，陳聰明不會球員兼裁判！
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