馬總統這次出國，過境美國的部分會跟一般民眾同班機；儘管總統府跟華航都說，不會讓旅客麻煩，不過以往慣例，跟總統出訪隨行人員行李一定是前一天要先送新聞局安檢確保安全，現在國安局可說陷入兩難，傷透腦筋。
8月12日馬總統首次出訪，破天荒要跟一般民眾同班機，而且更有2位民眾，早在消息曝光前就先訂了跟馬總統同班機的頭等艙。
華航發言人陳鵬宇：「旅客訂位狀態，都不會受到任何影響，對於馬總統這趟行程上面，所有特殊跟安排，目前全部都沒有。」
雖然還有機位，不過要跟總統同班機可能要有心理準備，因為總統首次坐民航機出訪，維安方式並沒有前例可循，事前安檢恐怕只會超級嚴格；以往元首出訪，隨行人員行李前一天就要寄送新聞局，安檢管理；這次同班機乘客是不是也要比照辦理？
另外，一般飛美國線必須提早3小時報到，但因為當天安檢，跟馬總統同班的乘客可能得提早4小時抵達。
總統府發言人王郁琦：「陳水扁總統時代出訪的人數，動輒2、3百人，這個情況，各位記者也都非常清楚，聽說光是為了要寄存行李，就可能要提早3個小時，我們會把對旅客的不便，降到最低，所以請不要做那種無謂的，謠傳好像旅客一定會產生不便。」
總統府不想擾民，華航也不敢自訂規定，苦的是負責維安的國安局，現在把如何安檢列為最高機密，畢竟得在符合老闆心意，跟標準作業程序下拿捏分寸。
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