陸委會主委邱太三連續兩天到立院接受備詢，都拋出維護中華民國主權的言論，還說自己和馬前總統主張不同，認為他所說的，兩岸要互不承認主權，互不否認治權，應該變成雙方都得承認主權，也讓國民黨不滿，認為這樣已經違憲，邱太三是不是要修憲把自己廢掉，要民進黨不要說一套做一套。
這是陸委會主委邱太三，23號在立法院備詢時所說的話，拋出維護中華民國主權言論，但不只這樣，隔一天再次備詢，這回他把話，說得更清楚，說自己的主張和馬前總統不太一樣，過去國民黨的說法是兩岸互不承認主權，互不否認治權，但他覺得這已經不夠，認為應該要互相承認主權，在選舉前拋出這種言論，也讓外界引發聯想。
立委(國)陳玉珍：「現在的中華民國憲法是包含兩個地區，台灣地區跟大陸地區，如果民進黨希望要名實相符的話，就應該去做修憲的動作啊，那民進黨它就是說的，只有在備詢的時候會這樣說。」
難道又想刺激對岸搶選票，國民黨表示，邱太三這樣的說法已經違憲，是不是該修憲把自己廢掉？要民進黨不要說一套做一套。
立委(民)何志偉：「國會的立委本身就是立法院，絕對有主權的象徵，所以這絕對沒有違憲，國台辦每天都在生氣他們應該要叫生氣辦才對，應該在某種程度來講，相互承認相互尊重這樣才對。」
從綠營方面來看，認為是站在多數民意的那一方，兩岸未來應該朝對等原則展開正向交流，民進黨強調邱太三的主張也是出於善意，但越接近選舉，中華民國主權就又被搬上檯面討論，藍綠各自解讀。
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