因為釣魚台撞船事件，讓駐日代表許世楷被緊急召回，不過許世楷在駐日期間，台日關係被視為相對穩定，而且他也爭取到台灣民眾赴日免簽證；只是他長期支持台獨運動，還曾經是建國黨黨主席，加上他擁有日本永久居留，都讓許世楷在馬政府上任後，成為被藍營點名必須下台的官員。
記者(94.7.29)：「會重申釣魚台主權？」駐日代表許世楷：「我已經重申，我已經…，這個是主張，這一定的，我們要堅持。」
2005年台日釣魚台漁權談判，駐日代表許世楷領軍坐上談判桌，5天前，發生我國漁船在附近海域被日本保安艦撞沉，這一撞，還把許世楷撞回台灣；其實早在政黨輪替後，許世楷就做好請辭的準備。民進黨立委蔡煌瑯：「民進黨政府下台之後，他認為國民黨政府，馬上就要派人，就是有那個心理準備。」
6月1日日本政界早就提前為他辦了一場千人的歡送會，足見許世楷駐日期間打下的深厚基礎，當年國民黨主席馬英九訪日時，許世楷作東，飯桌上甚至請到東京督知事石原慎太郎，做足了面子；但獨派色彩濃厚的許世楷，畢竟在理念上與馬政府有著太大隔閡。
今年74歲的許世楷，2004年由當時的外長陳唐山派駐日本，東京大學法學博士畢業，除了親日，當過建國黨前主席，現在也還是台獨聯盟的成員，長年經營日本人脈的他，至今沒有放棄日本居留權櫻花卡，也在馬政府上任後引發爭議，這次被召回，民進黨立委質疑外交部別有用心。
蔡煌瑯：「我認為他已經盡了力，那馬政府要用這個機會剷除異己，要把許世楷換掉，才會把他召回來，並不是為了要向日本抗議。」
早就意識到自已得交出代表位置，許世楷大概沒料想到，會在這個關鍵時刻，發生漁船被撞事件，駐日4年期間，成功爭取到台灣觀光客赴日免簽證的他，想必為這個落幕方式，感慨萬千。
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