陳水扁總統將於520卸任，不過可能躲不過國務機要費的偵辦，由於當時檢方起訴時，陳水扁被認為是共犯，因為總統享有刑事豁免權，不過，現在傳出特偵組將國務機要費案簽分成「特偵字案」，而且不排除將以貪瀆罪被告的身分，傳訊陳水扁，並對他實施境管留置。
520卸任後，陳水扁沒了總統保護傘，得親自面對國務機要費官司，而且不再是關係人的身分，這回將以貪瀆案的被告，遭特偵組傳訊，當初偵辦國務費案的檢察官陳瑞仁說，並不意外。檢察官陳瑞仁：「當初在起訴吳淑珍夫人，是有認為陳水扁總統是共犯，是沒錯，但受於憲法保障，當然現在重新分案，我們要尊重重新分案的見解。」
當年國務機要費起訴書，上頭明確寫著，陳水扁總統涉嫌貪污以及偽造文書，因受憲法保障，經解職後再行訴究，特偵組520後，將直接簽分特偵字案，傳喚陳水扁總統，再給他一次說明的機會，不排除對陳總統實施境管留置通知措施。
至於外傳機密資料，可能遭到官邸銷毀，檢方說相關卷證資料，已經移送地院，如果銷毀的資料跟國務機要費有關，不排除另外分案，追究湮滅證據的刑責。
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