不到10天，新舊政府就要交接，但卻傳出民進黨立院黨團打算透過修法的方式，將國務機要費與特別費，引發的法律責任「除罪化」，並希望以此來交換，因馬英九特別費案，遭判刑的台北市政府前秘書余文。儘管民進黨方面認為，這是為國務機要費解套，但國民黨立委則強烈反對，並認為這形同綠營，已經間接承認陳總統有罪！
民進黨想修法，讓國務機要費與特別費的相關法律除罪化，但藍綠雙方還是意見不同。
民進黨立委邱議瑩：「拿錢的是馬英九，被判有罪的卻是余文，如果能夠由將來的馬英九總統來特赦余文的話，那我想未來這樣的一個歷史共業，這個案子的荒謬性，都可以一併被解決。」
國民黨立委吳育昇：「我覺得民進黨黨團這個作為，凸顯出來，第一個等於間接承認陳水扁是貪污的，陳水扁未來是有罪的，他們想要幫陳水扁解套！」
擔心藍營追打，馬英九特別費三審獲判無罪後，民進黨雖不承認是條件說，但急於修法，試圖為卸任後，恐怕官司纏身的陳總統解套。藍營不領情，拿特赦余文來交換，但因特別費案被判刑的余文，聽到可能有被特赦的機會，還是抱著期待。
前北市府秘書余文：「只要對我有利的任何形式，實質上的我都能夠接受，我也很期盼這樣子的方式。」
但以目前的時間點來看，陳總統恐怕也來不及在任內完成修法，特赦余文的決定權，恐怕還是會落回老長官馬英九的手上。
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