總統當選人馬英九，在台北市長任內的特別費案無罪定讞，也讓馬英九不必帶著被告的身分就職；現在傳出來的消息，是馬英九在無罪確定之後，可能以總統職權，對涉入國務機要費案的陳水扁總統和夫人吳淑珍提出大赦！馬英九辦公室強調，是否大赦，將會尊重法律的規定，只是綠營立委不買帳，說馬英九得了便宜還賣乖。
特別費無罪確定，好久好久沒在家門口跟民眾問好的馬英九，露出難得的開心笑容，主動跟大家打打招呼。總統當選人馬英九：「好久不見。」
來到國民黨中央，馬英九一早就召集幕僚開會，除準閣揆劉兆玄，還有內定經濟部長尹啟銘、準交通部長毛治國、總統府副秘書長葉金川通通都來了，除了商討人事問題之外，馬英九也開始研究起，是不是要在未來大赦陳總統、呂副總統的國務機要費，以及涉入特別費風暴的其他行政官員。
馬蕭發言人羅智強：「赦免權固然是總統的一個特權，但是它的行使必然會對司法產生一定程度的侵犯，而且台灣過去，實際上並沒有大赦的實踐前例。」
立法院長王金平：「特別費的首長跟副首長，從歷史到現在相當多吧，你說有的有辦 ，有的沒有辦，也不宜啊；所以應該一次修法，把它解決！」
民進黨立委潘孟安：「我們認為這是得了便宜又賣乖！因為司法碰到馬英九之後，完美的切割，獨厚他個人之後，然後所有的人都變成有罪了！」
馬英九確定將會以無罪之身，就任第12任總統，還他清白之後，他會不會以總統職權，大赦「扁呂游」等綠營天王，馬英九還在仔細思量。
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