馬英九特別費案三審無罪定讞，是不是會考慮大赦其他行政首長？甚至包括總統的國務機要費？根據TVBS掌握的消息，馬英九確實已經委請律師研究可行性，主要考量大赦可以達到政治和解的目的，但也擔心會因此造成侵犯司法爭議；怎麼做還沒決定，倒是緊咬總統國務機要費的立委邱毅直言反對，他說馬英九如果真的大赦，他絕對沒完沒了。
特別費案無罪確定，好久沒在家門口跟民眾問好的馬英九，露出難得的開心笑容，跟大家打打招呼。總統當選人馬英九：「好久不見。」
確定從特別費的案子中脫身，馬英九的好心情寫在臉上，和法國駐台代表餐敘時，更是一臉輕鬆自在，但其他行政首長呢？記者：「主席有考慮要大赦特別費嗎？」馬英九：「謝謝你們。」
馬蕭發言人羅智強：「赦免權固然是總統的一個特權，但是它的行使，必然會對司法，產生一定程度的侵犯，而且台灣過去，實際上，並沒有大赦的實踐前例。」
馬英九辦公室強調，他暫時不會考慮大赦其他特別費案子的可能性；消息之所以傳出，最主要是馬英九的辯護律師宋耀明，在得知三審無罪定讞之後，曾經向馬英九提出這樣的建議，馬英九於是請律師團研究研究，最主要是考量到如此做，恰好可以釋出政治和解的氣氛。
但一方面，就怕大赦所謂的貪污犯、以及偽造文書罪嫌的行政首長，恐怕引起更大爭議，馬英九會怎麼決定，還沒個譜，國民黨內就已經出現雜音。國民黨立委邱毅：「憑什麼陳水扁、吳淑珍、呂秀蓮、謝長廷、陳唐山、游錫堃，這些特權份子，這些特權階級，這些貴族可以大赦，然後人民就不能大赦，所以我堅決反對大赦，如果大赦我要翻臉。」
在謝長廷的特別費案、以及陳總統的國務機要費當中著力甚深，邱毅怎麼樣都不希望新政府輕輕放下；馬英九談大赦，八字沒一撇，可能得先擺平黨內的不同聲音。
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