就在傳出劉兆玄將組閣的這個時候，媒體們卻接連收到一式4頁，指涉劉兆玄和資深媒體人尹乃菁，遊冷水坑的緋聞黑函，質疑馬英九要組緋聞內閣！避免黑函繼續滿天飛，一直不願鬆口的馬英九辦公室，提早證實閣揆人事，劉兆玄也首度鬆口要盡快把組閣工作完成，希望4月底前能夠敲定內閣人事，但對於黑函內容，劉兆玄不願回應。
劉兆玄：「最重要先把組閣做完。」
劉兆玄終於終於鬆口組閣這句話，為的是這個原因。劉兆玄：「黑函事情我從來不回應。」記者：「這個時候傳出是有人刻意嗎？」劉兆玄：「不曉得，但是對匿名黑函，我是不回應，謝謝各位，不要摔倒，小心。」
所謂的黑函，就是傳真的各大媒體的這份資料一式4張，第一張標題大大的寫著「給敬愛的馬英九先生一封公開信」，馬英九籌組「緋聞內閣」失德、失民，敗壞人心！
話說的很重，內容寫著，當初馬英九說閣揆德重於才，德是緋聞之德嗎？劉兆玄貴為校長，和記者發生緋聞關係，這是百姓要的行政院長嗎？沒署名沒來源，只在最後註明，始終如一堅持清廉的競選夥伴上；另一張標明劉兆玄鬧緋聞，還用媒體畫面強化內容，甚至用諧音嘲諷緋聞當事人。
就是這幾張黑函，把馬團隊逼急了，前一天深夜提早證實劉兆玄是新閣揆。劉兆玄：「希望4月底前內閣名單確定，5月就任後不要有太長空隙。」記者：「聽說家人反對？」劉兆玄：「還沒說服(家人)。」
馬英九辦公室說了，劉兆玄順水推舟，只有主帥馬英九還是不願對外證實，根據了解，馬英九不想在被認為是負面消息的當口上宣佈，維持主帥高度，所以請手下代打出擊，把黑函攻擊力降到最低。
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